生物顯微鏡主要是用來觀察生物的切片、細胞或者細菌等這類型的結構以及活體組織在培養過程中對其的觀察和研究，同時也可以用來觀察某些透明或半透明的物體當中的組織，即便是食物行業、飲用水等這些行業也經常會用到它作為檢驗設備。

生物顯微鏡主要是通過光線均勻地折射入某些物質當中以傳遞的方式去分析不一樣的物體。當某一種物質通過空氣照射到透明介質就會使光線就會改變了方向，從而形成折射角。

在使用設備的時候，先將低倍物鏡調整好位置，并放置需要觀察的物質標本，通過轉動的方式調整反光鏡，確定光線等較為合適的情況下把物鏡提高再向下調到可以看到標本的位置，以正確焦距去觀察即可。如果發現在觀察的時候出現其他的物質，則需要將聚光鏡稍微下調一下。

一般該設備經常被作用于衛生單位的觀察或者是某些醫學機構學校用來觀察微生物或細胞等這些組織的培養。尤其是在需要研究細胞的分裂時更經常會使用到該設備，無論是在工業的微生物研究或植物學當中都能用到它。

生物顯微鏡的成像非常清晰，使用者在使用設備時可以用較為明晰的圖像成型去觀察需要作用到的物體。即便是細菌等日常生活中無法用肉眼看到的物質，通過該設備也能非常清楚地顯象。